Формування експозиції майбутнього музею Пирогово розпочалося 1969 року, автором ідеї створення музею був Петро Тимофійович Тронько. У процесі формування фондов музею експонати доводилося збирати по всій Україні. Оскільки в музеї спочатку планувалося створити окремі експозиції, які б передавали особливості архітектури та побуту історичних регіонів України, то виникали складнощі, пов’язані не лише з підбором експонатів, характерних для конкретного історичного регіону. Так вдалося знайти та доставити до музею унікальну українську хату 16 століття, єдину на сьогодні в Україні.
Процес створення та наповнення колекції музею розтягнувся на 7 років, протягом яких доводилося долати складнощі, пов’язані не лише з підбором експонатів, а й з партійними інтригами.
Як згадує про цю ситуацію в одному зі своїх інтер’ю П. Т. Тронько: «Сталося так, що для створення експозиції повз будівлю ЦК КПУ по вулиці Орджонікідзе везли у вантажівці розібраний вітряк. Можливо, Володимир Васильович Щербицький побачив це з вікна, але, швидше за все, “доброзичливці” доповіли про збір патріархальщини. Загалом, первый секретар ЦК мені зателефонував і сказав: “Петре Тимофійовичу, ти що там мотлох возиш? Тобі що, робити нічого?” Я йому спокійно у відповідь: “Ви колись мені за цей мотлох дякую скажете”.
У 1976 році будівництво першої черги музею було завершено, і на його відкриття запросили членів уряду. Я зателефонував Щербицькому, а он мне каже: “Спочатку треба подивитися, що ти там наробив”. До цього йому другий секретар ЦК КПУ Соколов Бог знає що наговорив: кошти занапащені, саме гниття, нікому не потрібне, та ще й це пахне націоналізмом. Він якраз бага-а-то розумів у цій справі!
Члени уряду на чолі з першим секретарем ЦК КПУ приїхали до Пирогова за кілька днів до відкриття музею. Іх водили територією чотири години. А там мельник молол борошно, коваль підковував коней, дівчата бринькали на бандурах — краса! Після огляду я запропонував Володимиру Васильовичу записати свої враження до книги відгуків. Він і написав: “Дякую вам, дорогі товариші, за музей”. — “А що я вам казав?”. Володимир Васильович відповів: “Таке, Петре, буває”.
Деякі експонати, необхідні для створення експозицій, знайти не вдалося і вони були відновлені під керівництвом істориків з усіма деталями. Але основний фонд складають архітектурні споруди, що збереглися до цього часу, створені жителями України багато століть тому.
На момент відкриття музею Пирогово у 1976 році його територія становила 120 га, на яких було розміщено понад 150 споруд – пам’яток української архітектури та побуту. Всі вони були згруповані у 5 експозицій: Середня Наддніпрянщина, Полтавщина, Слобожанщина, Полісся та Поділля.
З часом музей Пирогово ріс і розвивався – територія музею досягла 150 га, кількість історичних споруд зросла до 300 експонатів, була сформована унікальна за своєю величиною колекція етнографічних експонатів – близько 40 000. Сюди входять величезна колекція старовинного одягу; дерев’яний та глиняний посуд; меблі; вироби з дерева, металу, скла; килими та вишивки; музичні інструменти та різноманітний народний живопис. Зросла до 8 і кількість експозицій: Середня Наддніпрянщина, Південь України, Полтавщина, Слобожанщина, Полісся, Поділля, Карпати, Народна творчість в архітектурі сільського життя 60 – 80 рр.