Формування експозиції майбутнього музею Пирогово розпочалося 1969 року, автором ідеї створення музею був Петро Тимофійович Тронько. У процесі формування фондів музею експонати доводилося збирати по всій Україні. Оскільки в музеї спочатку планувалося створити окремі експозиції, які передавали б особливості архітектури та побуту історичних регіонів України, то виникали складнощі пов'язані з підбором експонатів характерних конкретному історичному регіону. Так вдалося знайти та доставити до музею унікальну українську хату 16 століття, єдину на сьогодні в Україні.
Процес створення та наповнення колекції музею розтягнувся на 7 років, протягом яких доводилося долати труднощі пов'язані не лише з підбором експонатів, а й з партійними інтригами.
Як згадує про цю ситуацію в одному зі своїх інтерв'ю П. Т. Тронько: «Сталося так, що для створення експозиції повз будівлю ЦК КПУ по вулиці Орджонікідзе везли у вантажівці розібраний вітряк. Можливо, Володимир Васильович Щербицький побачив це з вікна, але, найімовірніше, “доброзичливці” доповіли про збирання патріархальщини. Загалом, перший секретар ЦК мені зателефонував і сказав: Петре Тимофійовичу, ти що там мотлох возиш? Тобі що робити нічого?” Я йому спокійно у відповідь: “Ви колись мені за цей мотлох спасибі скажете”.
1976 року будівництво першої черги музею було завершено, і на його відкриття запросили членів уряду. Я подзвонив Щербицькому, а він мені каже: "Спочатку треба подивитися, що ти там наробив". До цього йому другий секретар ЦК КПУ Соколов Бог знає, що наговорив: кошти занапащені, одне гнилля, нікому не потрібне, та до того ж це пахне націоналізмом. Він якраз багато розумів у цій справі!
Члени уряду на чолі з першим секретарем ЦК КПУ приїхали до Пирогово за кілька днів до відкриття музею. Їх водили територією чотири години. А там мірошник молов муку, коваль підковував коней, дівчата бренчали на бандурах — краса! Після огляду я запропонував Володимиру Васильовичу записати свої враження до книги відгуків. Він і написав: "Дякую вам, дорогі товариші, за музей". - "А що я вам казав?". Володимир Васильович відповів: "Таке, Петро, буває".
Деякі експонати, необхідні для створення експозицій, знайти не вдалося і вони були відновлені під керівництвом істориків з усіма деталями. Але основний фонд музею складають архітектурні споруди, що збереглися до цього часу, створені жителями України багато століть тому.
На момент відкриття музею Пирогово у 1976 році його територія складала 120 га, на яких було розміщено понад 150 споруд – пам'яток української архітектури та побуту. Усі вони були згруповані у 5 експозицій: Середня Наддніпрянщина, Полтавщина, Слобожанщина, Полісся та Поділля.
З часом музей Пирогово ріс і розвивався – територія музею досягла 150 га, кількість історичних споруд зросла до 300 експонатів, було сформовано унікальну за своєю величиною колекцію етнографічних експонатів – близько 40 000. Сюди входять величезна колекція старовинного одягу; дерев'яний та глиняний посуд; меблі; вироби з дерева, металу, скла; килими та вишивки; музичні інструменти та різноманітний народний живопис. Зросла до 8 та кількість експозицій Середня Наддніпрянщина, Південь України, Полтавщина, Слобожанщина, Полісся, Поділля, Карпати, Народна творчість в архітектурі сільського життя 60 – 80 р.