Формирование экспозиции будущего музея Пирогово началось 1969 году, автором идеи создания музея был Пётр Тимофеевич Тронько. В процессе формирования фондов музея экспонаты приходилось собирать по всей Украине. Так как в музее изначально планировалось создать отдельные экспозиции, которые бы передавали особенности архитектуры и быта исторических регионов Украины, то возникали сложности связанные с подбором экспонатов характерных конкретному историческому региону. Так удалось найти и доставить в музей уникальную украинскую хату 16 столетия, единственную на сегодняшний день в Украине.
Процесс создания и наполнения коллекции музея растянулся на 7 лет в течение которых приходилось преодолевать сложности связанные не только с подбором экспонатов но и с партийными интригами.
Как вспоминает об этой ситуации в одном из своих интервью П. Т. Тронько: «Случилось так, что для создания экспозиции мимо здания ЦК КПУ по улице Орджоникидзе везли в грузовике разобранный ветряк. Может быть, Владимир Васильевич Щербицкий увидел это из окна, но, скорее всего, “доброжелатели” доложили о сборе патриархальщины. В общем, первый секретарь ЦК мне позвонил и сказал: “Петр Тимофеевич, ты что там рухлядь возишь? Тебе что, делать нечего?” Я ему спокойно в ответ: “Вы когда-то мне за эту рухлядь спасибо скажете”.
В 1976 году строительство первой очереди музея было завершено, и на его открытие пригласили членов правительства. Я позвонил Щербицкому, а он мне говорит: “Сначала нужно посмотреть, что ты там наделал”. До этого ему второй секретарь ЦК КПУ Соколов Бог знает что наговорил: средства загублены, одно гнилье, никому не нужное, да к тому же это пахнет национализмом. Он как раз мно-о-го понимал в этом деле!
Члены правительства во главе с первым секретарем ЦК КПУ приехала в Пирогово за несколько дней до открытия музея. Их водили по территории четыре часа. А там мельник молол муку, кузнец подковывал коней, девчата бренчали на бандурах — красота! После осмотра я предложил Владимиру Васильевичу записать свои впечатления в книгу отзывов. Он и написал: “Спасибо вам, дорогие товарищи, за музей”. — “А что я вам говорил?”. Владимир Васильевич ответил: “Такое, Петро, бывает”.»
Некоторые экспонаты, необходимые для создания экспозиций найти не удалось и они были восстановлены под руководством историков со всеми деталями. Но основной фонд музея составляют сохранившиеся до это времени архитектурные сооружения созданные жителями Украины много веков назад.
На момент открытия музея Пирогово в 1976 году его территория составляла 120 га на которых были размещены более 150 сооружений – памятников украинской архитектуры и быта. Все они были сгруппированы в 5 экспозиций: Средняя Наднепрянщина, Полтавщина, Слобожанщина, Полесье и Подолье.
Со временем музей Пирогово рос и развивался – территория музея достигла 150 га, количество исторических сооружений выросла до 300 экспонатов, было сформирована уникальная по своей величине коллекция этнографических экспонатов – около 40 000. Сюда входят огромная коллекция старинной одежды; деревянная и глиняная посуда; мебель; изделия из дерева, метала, стекла; ковры и вышивки; музыкальные инструменты и разнообразная народная живопись. Выросло до 8 и количество экспозиций Средняя Наднепрянщина, Юг Украины, Полтавщина, Слобожанщина, Полесье, Подолье, Карпаты, Народное творчество в архитектуре сельской жизни 60 – 80 г.